硅酸根分析仪一般由三部分组成：采样和预处理、钼蓝比色测定和运行控制。待测工业水经采用和预处理后成为符合硅仪要求的样品水。这一部分属于取样和预处理部分；对样品水进行显色和比色测定到显示输出，这是比色测定部分；运行控制部分控制整个系统的开关和电磁阀的顺序动作。
在酸性溶液中，水中的硅会与钼酸盐反应形成钼酸黄，再与还原剂形成钼酸蓝，使溶液呈蓝色。蓝色的深浅也与试剂水中的硅含量有关，所以待测样品水中的硅含量可以用光电比色法或分光光度法测定。
硅酸根分析仪根据测定元素的不同，钼蓝法包括硅钼蓝和磷钼蓝。硅钼蓝法用于测定水中的硅含量。磷钼蓝法用于测定水中的磷的含量。硅钼蓝法的分析过程一般可分为三个阶段，即显色、加掩蔽剂和还原。
1、在加入硫酸的酸性溶液中，进行显色反应，使水中的硅变为可溶性正硅酸盐H4SiO4，然后与微酸性溶液中的钼酸盐反应，生成黄色的硅钼酸杂多酸，称为硅钼酸黄，其分子式为H4SiMo12O40。
2、用掩蔽剂时，由于水中的铁、磷、沈能与钼酸盐发生颜色反应，也能形成黄色络合物，加入还原剂时，它们会与硅钼黄一起被还原成钼蓝，从而干扰硅的测定。为此，在硅钼黄还原前加入掩蔽剂（如酒石酸、草酸），使干扰离子与掩蔽剂形成无色而稳定的络合物，以防止干扰分析。
3、硅酸根分析仪在还原剂的作用下，被还原的硅钼黄会被还原成蓝色的硅钼杂多酸，称为硅钼蓝，除H2SO4和硅在水中形成的可溶性正硅酸外，硅钼蓝法所用的钼酸盐有钼酸铵和钼酸钠；酒石酸和草酸作为掩蔽剂；除1-氨基-2-萘酚-4-磺酸作为还原剂外，还有有机还原剂叫罗多尔和青霉素。
